Fokální segmentální glomerulosklerosa může vést k selhávání ledvin a následně k nutnosti dialyzační léčby. Vlastní léčbu ovlivňuje histologický nález z biopsie ledvin a přítomnost komplikací. Samotná FSGS není kontraindikací pro zařazení na čekací listinu pro transplantaci ledviny, mohou se však objevit závažná přidružená onemocnění, které transplantaci neumožní.